1953 yılında Erzurum’da doğdu. İlk ve orta okulu Erzurum’da, liseyi ise İstanbul’da okudu. Küçüklüğünden beri müziğe tutkun olan Gürkan Özpeker, liseden sonra İTÜ Devlet Konservatuvarına girerek mezun oldu, okuldaki başarılı öğrenciliği ve başarılı geçmişi nedeni ile mezuniyetinden sonra konservatuvarda önce asistan, sonrada öğretim görevlisi olarak çalıştı.
1981 yılında TRT’nin açtığı yetişmiş sanatçı sınavını kazanması ile de TRT İstanbul Radyosunda çalışmaya başladı. TRT İstanbul Radyosu Türk Halk Müziği Bölüm Müdürü olarak görev yaparken Haziran 2018 tarihinde TRT'den emekli olan Gürkan Özpeker, birçok türküyü notaya alarak TRT repertuarına kazandırdı.
