Çifte Minareli Medresenin Kitabesi olmadığından ne zaman yapıldığı ve yaptıranın kim olduğu bilinmemektedir. 13. yy. sonlarında Sultan Alaaddin Keykubad'ın kızı Hundi Hatun tarafından yaptırıldığı ve buna atfen de Hatuniye Medresesi dendiği tarihçilerce kabul edilmektedir.
Osmanlı döneminde de bir süre medrese olarak kullanılmış daha sonra Sultan IV. Murad'ın emriyle tophane haline getirilmiştir. Bir süre de kışla olarak da kullanılmıştır. 1971-1972 yıllarında Vakıflar Genel Müdürlüğü'nce kazı ve restorasyonu yapılan medrese halen Erzurum Yakutiye Belediye Başkanlığı sorumluluğundadır.
Dört adet eyvanı ve açık avlusu ile medreselerin Anadolu'daki en büyüğü olarak kabul edilir.
Çifte minareli taç kapısı güneyde ana eyvanla bitişen kümbetle değişik düzenlemeye sahiptir. Plandaki çarpıklık sur duvarına bitişik olmasından kaynaklanmaktadır. Cephede, taçkapı formundan başka çeşme nişleri ile yarım yuvarlak iki payanda vardır.
Taçkapının iki yanında yükselen çok dilimli silindirik minareler sırlı-sırsız tuğla, pabuç kısımları ise mozaik çinilerle süslenmiştir. Şerefelerden itibaren üst kısımları yıkılmıştır. Taçkapıyı kademeli kuşaklar halinde çeviren plastik hacimli bitki süslemeleri ile kalın silmeli panoların içindeki ejder, hayat ağacı, kartal motifleri cephenin en gösterişli bölümleridir.
Doğudaki tamamlanmış hayat ağacı ile kartal motifleri-nin bir arma olmaktan çok, Orta Asya Türk inanışına kadar uzanan gücü ve ölümsüzlüğü dile getirdiği düşünülür. Girişi ise eyvanın iki yanında kubbeyle örtülü odalar yer almaktadır. Uzun dikdörtgen avlu, değişik boyutlu sütun ve payelerle desteklenen revaklarla çevrilmiştir. Ortasında bir havuz bulunmak-tadır. Revakların ortasında yer alan hücreler iki katlıdır. Küçük olan yan eyvanlar yıldız tonozlarla örtülmüştür.
İç mimarî süslemelerin yarım kaldığı gözlenmektedir. Hücre kemerleri, kapı-pencere çerçeveleri ile sütunlar-da görülen geometrik ve bitki örnekleri yanında ayet ve hadislerden oluşan yazı kuşakları da mevcuttur. Büyük eyvanın sonunda altlı üstlü merdivenlerle kümbetin mumyalık ve gövde kısmına geçilmektedir.
İçten haçvari planlı mumyalıkta iki lahit mevcuttur. Onikigen planlı kümbet, Anadolu'daki bu tür mezar anıtların en büyüğüdür. Medresenin dışında kalan sekiz yüzde, birer atlamak suretiyle, alttan mukarnas kavsaralı ve daha büyük, üstte sade ve küçük olmak üzere sekiz pencere açılmıştır. Konik külâh, kırmızı renkli taşlarla kaplanmıştır.
Tüm mimarî ihtişamına rağmen süslemeleri yarım kalmıştır. Bu Şerefelerin üst kısmı bir rivayete göre hiç yapılmamış, bir rivayete göre de yıkılmıştır.
Eser bütünüyle 35 x 48 metre karelik bir alanı kaplar.
Taç kapıdan geniş bir avluya geçilir. Avlunun etrafı sütunlarla çevrilidir. Öğrenci odaları avlunun etrafında yer alır. Bu gün yıkık olan güneydeki eyvana bitişik kümbet vardır. Kümbet kübik bir kaide üzerine pologonal bir gövde ve konik külahtan oluşmaktadır.
Bu Medresenin 13. asrın sonlarına doğru, önemli bir hadise nedeni ile yapımının yarım kaldığı düşünülmek-tedir. Mevcut tamamlanmamış haliyle bile Çifte Minareli Medrese mimari yapısı, taş oyma ve kabartma işçiliği ile çini süslemeleri sonucunda muhteşem bir şaheserdir.
