Öğrencisi 2.Mustafa tahta çıkınca, Feyzullah efendiyi Erzurum’dan çağırtarak yeniden Şeyhülislamlığa getirdi. Sekiz yıl bu makamda kalan Feyzullah Efendi Padişahın gücünü arkasına alarak adeta devlet içinde devlet haline geldi. O kadar güçlendi ki rızası olmadan Sadrazamlar bile en küçük tayin yapamaz hale geldiler ve bu hal deletin her kademesinde rahatsızlık yarattı.
Mağdurlar ve ayni zamanda düşmanları tarafından tahrik edilen yeniçerilerin ayaklanmaları üzerine Feyzullah efendi, 1703’de şeyhülislamlıktan azledilerek Edirne’ye gönderildi. Edirne’de bir kaç ay saklanan Feyzullah efendi, 3 Eylül 1703 günü yeniçeriler tarafından çeşitli eziyetlerle öldürülerek Tunca nehrine atıldı.